Однажды в разных уголках планеты внезапно появляются различные кайдзю. Учёные Международной организации наблюдения за монстрами начинают исследования этих явлений.

Вскоре после спасения Сиро Амада получает обвинение в шпионаже и пособничестве по передаче высококлассного Гандама врагу. Сотруднице разведывательного управления Элис Миллер поручено расследовать инцидент.

Научный комплекс «Райские врата», террористическая атака, катастрофа «Двойной Икс» - из этих разрозненных поначалу кусочков начинает складываться картина величественного противостояния мощных сил.